石万年也是很清醒的，趁乱夺了伊吾，可却没能力对抗西突厥的反击，只能归附大唐。果然，当石万年在伊吾打出唐旗，宣称举七城归附大唐后，西突厥人没敢来。
对于石万年的归附，右仆射高士廉提议是如对党项、吐谷浑、突厥等一样，设立羁縻州，册封石万年为伊吾都督，封爵，以羁縻统治之。
不过这一提议遭到了秦琅的坚决反对。
伊吾不比党项、吐谷浑和突厥，那些都是蛮夷异族，且所处的地方都是不适合农耕文明发展的地方，但伊吾不同，一来伊吾处于西域门户要道上，是丝路要害。其二，伊吾是个绿洲，虽说在西域，但其实是适合农耕发展的，更不要说这里还是个贸易要点。
再加上伊吾主体都是汉人，又有隋朝时灭伊吾国设伊吾郡的先例，故此应当趁势在伊吾设立正州，并趁机派驻军队屯驻，驻军屯垦，趁机加强伊吾这个丝路商站，也为大唐下一步对付西突厥做好准备。
高士廉认为秦琅步子迈太子，还说石万年虽然来降，可不等于他甘愿放弃权力。
但秦琅还是坚持已见，石万年虽是西域杂胡，可隋朝时就已经归附中原。只要朝廷肯给他足够的官爵，他自然愿意舍弃手里这个烫手的山芋。
要知道，此时的伊吾，城只七座，人口不过数万，若没有大唐的支持，西突厥人一个反击，就能灭掉他们。
在随后的廷议上，秦琅依然是坚持自己意见，最终李世民也支持了他，下旨在伊吾设立西伊州。
授石万年为西伊州刺史，加封伊吾郡公爵，授银青光禄大夫。
左卫中郎将谢叔方迁西伊州长史，西伊州设伊吾军，谢叔方兼任伊吾军使，军额三千，屯西伊州。太子通事舍人薛万备迁西伊州司马，兼罗护守捉使。
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